Główną Biblioteką Lekarską zarządza na zasadzie jednoosobowego kierownictwa Dyrektor, którego powołuje i odwołuje Minister Zdrowia.

p. o. Dyrektor GBL dr n. med. Feliks Orchowski

Zastępca Dyrektora ds. Finansowych mgr Ewa Młynarczyk

Zastępca Dyrektora ds. Organizacyjnych Robert Gut

Zastępca Dyrektora ds. Bibliotecznych