Główną Biblioteką Lekarską zarządza na zasadzie jednoosobowego kierownictwa Dyrektor, którego powołuje i odwołuje Minister Zdrowia.

Dyrektor dr n. przyr. Wojciech Giermaziak

Zastępca Dyrektora ds. Finansowych mgr Ewa Młynarczyk

Zastępca Dyrektora ds. Organizacyjnych Robert Gut